Cung điện là công trình kiến trúc đầu tiên và cũng là quan trọng nhất được dựng lên tại thủ đô mới của Bình An kinh, nơi mà triều đình chọn để di dời vào năm 794 theo lệnh của Thiên hoàng Kanmu. Cung điện chưa hoàn toàn sử dụng được vào thời điểm di dời, tuy nhiên Đại Cực điện[gc 8] hoàn thành ngay trong năm 795, và cơ quan phụ trách việc xây dựng nó đã bị giải tán chỉ trong năm 805.[6]

Các khu phức hợp theo phong cách của Trung Quốc gồm Triều Đường viện[gc 9] và Phong Lạc viện[gc 10] bắt đầu đưa vào sử dụng từ khá sớm, song song với sự suy giảm của các chế định luật và quan liêu triều đình lấy cảm hứng từ Trung Quốc ritsuryō[gc 11], chúng dần dần bị bỏ rơi hoặc giảm xuống mức hình thức không còn quan trọng. Trọng tâm của khu phức hợp cung điện chuyển đến Nội cung, và Tử Thần điện[gc 12] rồi sau đó Thanh Lương điện[gc 13] đã vượt qua Đại Cực điện để trở thành vị trí chính cho hoạt động thiết triều.[7]

Song song với hoạt động trong Nội cung, Đại Nội cung bắt đầu được coi là ngày càng không an toàn, đặc biệt là vào ban đêm. Một lý do có thể là bởi sự mê tín phổ biến trong thời kỳ này: các tòa nhà không có người ở đã bị tránh xa vì sợ linh hồn và ma, thậm chí cả khu phức hợp Phong Lạc viện được cho là đã bị ma ám. Ngoài ra, mức độ an ninh thực tế được duy trì tại cung điện đã suy giảm, vào đầu thế kỷ XI chỉ có một cổng Dương Minh môn[gc 14] ở phía đông là được bảo vệ. Do đó, tội phạm trộm cắp và thậm chí bạo lực đã trở thành một vấn đề nghiêm trọng cho cung điện vào nửa đầu thế kỷ XI.[8]

Hỏa hoạn là một vấn nạn thường xuyên vì khu phức hợp cung điện được xây dựng gần như hoàn toàn bằng gỗ. Đại Cực điện được xây dựng lại sau các vụ cháy vào năm 876, 1068 và năm 1156 mặc dù bị hạn chế sử dụng. Tuy nhiên, sau trận hỏa hoạn lớn năm 1177 đã phá hủy phần lớn Đại Nội cung, Đại Cực điện không bao giờ được xây dựng lại. Phong Lạc viện cũng đã bị phá hủy bởi một vụ hỏa hoạn vào năm 1063 và tương tự như Đại Cực điện, Phong Lạc viện cũng không bao giờ được xây dựng lại.[7]

Kể từ năm 960, Nội cung đã liên tục bị phá hủy bởi hỏa hoạn, nhưng nó được xây dựng lại một cách có hệ thống và được sử dụng làm nơi ở chính thức của hoàng gia cho đến cuối thế kỷ XII.[7] Trong thời gian xây dựng lại Nội cung sau các vụ hỏa hoạn, thiên hoàng thường phải ở tại các cung điện thứ cấp Lí Nội lí[gc 15] trong thành. Thông thường những cung điện thứ cấp này được cung cấp bởi gia tộc Fujiwara, đặc biệt là trong giai đoạn sau của thời kỳ Heian để thực hiện kiểm soát chính trị thực tế bằng cách cung cấp các phối ngẫu cho các thiên hoàng kế vị nhau.[9] Do đó, ông bà ngoại của thiên hoàng đã bắt đầu chiếm đoạt việc cư trú trong cung điện trước khi kết thúc thời kỳ Heian. Các thiên hoàng đã nghỉ hưu vẫn tiếp tục duy trì quyền lực của mình trong hệ thống Viện chính[gc 16] từ năm 1086, điều này càng làm tăng thêm tầm quan trọng của cung điện.[10][11]

Sau một vụ hỏa hoạn vào năm 1177, quần thể cung điện chính đã bị bỏ hoang và các thiên hoàng cư ngụ trong các cung điện nhỏ hơn (trước là Lí Nội lí) trong thành và các biệt thự bên ngoài thành. Vào năm 1227, trận hỏa hoạn cuối cùng đã phá hủy những gì còn lại của Nội cung, và sau đó Đại Nội cung cũ bị phá hủy hoàn toàn. Năm 1334 Thiên hoàng Go-Daigo đã ban hành một sắc lệnh để xây dựng lại Đại Nội cung, nhưng do thiếu kinh phí vào lúc đó việc xây dựng lại đã không thể thực hiện.[12] Hoàng cung Kyoto ngày nay nằm ngay phía tây của điện Thổ Ngự Môn điện,[gc 17] dinh thự Fujiwara tuyệt đẹp ở góc đông bắc của thành.[13] Thần kỳ quan, phần cuối cùng của cung điện vẫn được sử dụng cho đến năm 1585.[14]